中国菲律宾商会是一个非赢利，非政府社会团体。商会的申请得到中国商务部的批准，并通过中国民政部准许注册成立。作为在中国唯一代表菲律宾的商会组织，中国政府官方授权菲律宾商会在中国全国范围内进行商会活动。

经由菲律宾贸易工业部常务副部长托马斯.阿基诺博士提议，中国菲律宾商会组建于2005年1月25日，旨在进一步推动中国及菲律宾两国之间的双边贸易和投资。